The תוספתא ב''מ פרק ג'  says המוכר פרה לחבירו ונגנבה זה אומר ברשותך נגנבה וזה אומר ברשותך יחלוקו This is clearly like סומכוס ממון המוטל בספק חולקים.  In the רמב''ם laws of מכירה כ:י''ד רב שך says clearly the argument is when the theft occurred before or after the קנין. This can not be they are arguing  in whose domain the animal was when it was stolen, because that would not be דררא דממונא. We need they should themselves be in doubt for there to be דררא דממונא
But then it should be a simple case of מי שנולד הספק ברשותו עליו להביא את הראיה. That is the question of Rav Shach
I would like to suggest a possible answer to this question based on the version of the גמרא in ב''מ page ק' that says אלא הא מני סומכוס. That is the גמרא there says that סומכוס says ממון המוטל בספק חולקים even when the animal there gave birth in the domain of the seller. Thus even when there is חזקת רשות we find that סומכוס still says his law.

התוספתא ב''מ פרק ג' אומרת המוכר פרה לחבירו ונגנבה זה אומר ברשותך נגנבה וזה אומר ברשותך יחלוקו. זהו בבירור כסומכוס, - ממון המוטל בספק חולקים. ברמב''ם הלכות מכירה כ:י''ד רב שך אומר בבירור הטענות הן בזמן הגניבה התרחשה לפני או אחרי קנין. זה לא יכול להיות שהם מתווכחים על התחום אשר החיה הייתה כשנגנבה משום שזה לא יהיה דררא דממונא. אנחנו צריכים שטוענים יהיו  בספק כדי שיהיה דררא דממונא. אבל אז רב שך שאול שזה צריך להיות שאלה פשוטה של מי שנולד ספק ברשותו עליו להביא את הראיה גם לבסומכוס. ברצוני להציע תשובה אפשרית לשאלה זו מבוססת על הגרסה של הגמרא בב''מ דף ק. שאומרת "אלא הא מני סומכוס". זוהי שגמרא שם אומרת כי סומכוס אומר ממון מוטל בספק חולקים גם כאשר החיה הולידה בתחום המוכר. לכן גם כאשר קיימת חזקת רשות אנו מוצאים כי סומכוס עדיין אומר החוק שלו.

I still am puzzled about some things here like the fact that the Tosephta seems to need to be explained as the question is when did the theft occur before or after the acquisition while in the Rambam Laws of Acquisition 20:14 and 20:15 the question is in whose domain did the problem occur.