But on last Friday after looking at the Gemara in Bava Batra page 134b and seeing the question of Rav Akiva Eiger there, I had an idea of how to answer his question.
גמרא בבא בתרא דף קלד ע''א ע''ב. המשנה האומר יש לי בן נאמן. יש לי אח אינו נאמן. זה אומר יש לו בן ולכן אשתו אינה חייבת ביבום. יש לי אח ולכן אשתו חייבת ביבום. הגמרא שואלת שיש לנו כבר משנה בזה בקידושין דף ס''ד ע''א. הגמרא .עונה פה יש חזקה על שיש אח. רע''א שואל אפילו אם יש עדים שיש לו אחים הוא צריך להיות נאמן כשהוא אומר שאין לו
בגלל הדין המובא להלן כשהוא אומר גירשתי את אשתי נאמן וזה אפילו כנגד עדים. התירוץ נראה בא מן הגמרא בקידושין סד ע''ב. שם מובא את הדין שיש לי בן נאמן יש לי אח אינו נאמן. הגמרא שאול שכנראה שזה אינו כר' נתן. שכך מובא האומר בשעת קידושין יש לי בן ובשעת מיתה אין לי בן או האומר בשעת קידושין אין לי אח ובשעת מיתה יש לי אח. ר' יהודה הנשיא אומר נאמן להתיר ואינו נאמן לאסור. ר' נתו אומר גם נאמן לאסור. אביי אומר לא קושיא. המשנה היא כשאין חזקה והברייתא היא כשיש חשזה שיש אח ואין חזקה על בן. ולכן שם ר' נתן אומר שהיא אסורה וחייבת ביבום בגלל החזקה.
לי נראה שהגמרא בבבא בתרא גם מחזיקה בשיטת הגמרא בקידושין שהמשנה שם גם כמו ר' נתן. ור'נתן מאמין בו בגלל החזקה אבל לא היה מאמין לו אם הייתה עדות בגלל שהנאמנות של הבעל בשעת מיתה הוא רק בגלל שהוא מפספס ומשנה את הטיעון שלו אבל עדות ר' נתן היה מאמין
From what I recall the Gemara there goes like this. The Mishna says one who says he has a son is believed but one who says he has a brother is not. The Gemara asks that this seems to be extra since we already learn this same rule in Kidushin 64 side A. It answers, here in Bava Batra there is a prior status that he has a brother [Hazaka.] Rav Akiva Eiger asks that even more that a Hazaka but even with witnesses that he has a brother and he says he does not he should be believed like the case when he is married and he says he gave a get [divorce ] to his wife.
The answer I think is this. The Gemara in Kidushin brings the same rule [He says he has a son he is believed. he says he has brother he is not believed.] and asks that it seems to not be like R. Nathan.]
For we have a teaching: He says at the time of marriage I have a son and later before he dies he says I do not have a son. Or at the time of marriage he says I have no brother and later before he dies he says I have brother. R Yehuda the Prince says he is believed to permit not to forbid. R Nathan says also he is believed to forbid. [That is R Natan is going by what he says at the end. R Yehuda goes by what he says at the beginning.]
Abyee answers the mishna [is where] there is no hazaka (prior status). The teaching is where there is a hazaka that he has a brother but no hazaka (prior status) about a son.
The answer to the question of R.A. Eiger is that the Gemara in Bava Batra is also thinking like the Gemara in Kidushin that wants the Mishna to be like R Nathan, not just like R Yehuda. And R Nathan in the teaching is going with Hazaka. But that is because the husband himself flip flops.But in a case where there would be witnesses R Nathan would disagree with the Mishna.
גמרא בבא בתרא דף קלד ע''א ע''ב. המשנה האומר יש לי בן נאמן. יש לי אח אינו נאמן. זה אומר יש לו בן ולכן אשתו אינה חייבת ביבום. יש לי אח ולכן אשתו חייבת ביבום. הגמרא שואלת שיש לנו כבר משנה בזה בקידושין דף ס''ד ע''א. הגמרא .עונה פה יש חזקה על שיש אח. רע''א שואל אפילו אם יש עדים שיש לו אחים הוא צריך להיות נאמן כשהוא אומר שאין לו
בגלל הדין המובא להלן כשהוא אומר גירשתי את אשתי נאמן וזה אפילו כנגד עדים. התירוץ נראה בא מן הגמרא בקידושין סד ע''ב. שם מובא את הדין שיש לי בן נאמן יש לי אח אינו נאמן. הגמרא שאול שכנראה שזה אינו כר' נתן. שכך מובא האומר בשעת קידושין יש לי בן ובשעת מיתה אין לי בן או האומר בשעת קידושין אין לי אח ובשעת מיתה יש לי אח. ר' יהודה הנשיא אומר נאמן להתיר ואינו נאמן לאסור. ר' נתו אומר גם נאמן לאסור. אביי אומר לא קושיא. המשנה היא כשאין חזקה והברייתא היא כשיש חשזה שיש אח ואין חזקה על בן. ולכן שם ר' נתן אומר שהיא אסורה וחייבת ביבום בגלל החזקה.
לי נראה שהגמרא בבבא בתרא גם מחזיקה בשיטת הגמרא בקידושין שהמשנה שם גם כמו ר' נתן. ור'נתן מאמין בו בגלל החזקה אבל לא היה מאמין לו אם הייתה עדות בגלל שהנאמנות של הבעל בשעת מיתה הוא רק בגלל שהוא מפספס ומשנה את הטיעון שלו אבל עדות ר' נתן היה מאמין
From what I recall the Gemara there goes like this. The Mishna says one who says he has a son is believed but one who says he has a brother is not. The Gemara asks that this seems to be extra since we already learn this same rule in Kidushin 64 side A. It answers, here in Bava Batra there is a prior status that he has a brother [Hazaka.] Rav Akiva Eiger asks that even more that a Hazaka but even with witnesses that he has a brother and he says he does not he should be believed like the case when he is married and he says he gave a get [divorce ] to his wife.
The answer I think is this. The Gemara in Kidushin brings the same rule [He says he has a son he is believed. he says he has brother he is not believed.] and asks that it seems to not be like R. Nathan.]
For we have a teaching: He says at the time of marriage I have a son and later before he dies he says I do not have a son. Or at the time of marriage he says I have no brother and later before he dies he says I have brother. R Yehuda the Prince says he is believed to permit not to forbid. R Nathan says also he is believed to forbid. [That is R Natan is going by what he says at the end. R Yehuda goes by what he says at the beginning.]
Abyee answers the mishna [is where] there is no hazaka (prior status). The teaching is where there is a hazaka that he has a brother but no hazaka (prior status) about a son.
The answer to the question of R.A. Eiger is that the Gemara in Bava Batra is also thinking like the Gemara in Kidushin that wants the Mishna to be like R Nathan, not just like R Yehuda. And R Nathan in the teaching is going with Hazaka. But that is because the husband himself flip flops.But in a case where there would be witnesses R Nathan would disagree with the Mishna.