I think the רמב''ם probably saw this difference in what is owed in the words of רב פפא himself. That is the fact that I pointed out that רב פפא says in terms the משנה on page ק''ג ע''ב that the one can bring with a bucket means to the רמב''ם that one statement of רב פפא was referring to the work that is required to be done on the field by the מקבל and the other statement of רב פפא concerning the difference between the first two משניות and the later ones refer to the percentage that the serf has to pay from his labor.
אני חושב הרמב''ם כנראה ראה את ההבדל זה בדין מה הוא נוגע להתחייבות המקבל בדברי רב פפא עצמו. רב פפא אמר לגבי המשנה בעמוד ק''ג ע''ב כי אפשר להביא עם דלי. הרמב''ם ראה האמירה זו של רב פפא שהתכוון אל העבודה שנדרשת להיעשות על המגרש על ידי המקבל. את תמצית הדוח האחרת של רב פפא לגבי ההבדל בין שתי הראשונות אל המשניות המאוחרות מתייחס לאחוז שהצמית יש לשלם מן העבודה שלו.