Questions on Talmud. 
Sex with a female is considered to be sex.  But  Sodomy with a male is always liable the death penalty, no matter what the age is. [That is stoning.]

That is to say: there are three ways to acquire a wife,- Sex, money, or a document. Sex is in fact one way. A when one marries by means of sex in front of two witnesses for the sake of marriage, the marriage is considered valid. Also in terms of prohibitions, sex with a forbidden female among the forbidden relations is thought to be liable the death penalty.





Gentiles
In terms of the attitude towards gentiles you are right there is a problem. The way some have answered that is that gentiles that are Christians are thought to be gerei Hashar according to the Beit Yoseph.. In any case, besides the Beit Yoseph, there is the Meiri [a Rishon and Abravanal and Rav Yaakov Emden.




Secular morality is always shifting. So to ask on this from secular morality does not seem valid. But if there is a question based on objective morality then I agree the Talmud can be wrong. The Talmud does not claim Divine Revelation. It is trying to work on the laws of the Torah based on human reason.

If the laws of Torah would be goals in themselves and thought to stand alone then there can be problems when they seem to disagree with morality based on Reason. But All the medieval rishonim do not hold from Divine Command Theory. All rishonim hold the laws of Torah are right and true because they have as their basis objective morality. That is they are meant to bring to certain goals that are recognizable by Reason.

If the question is "Is everything in the Talmud right?" The answer is no. In every single question there are different opinions and one is right and the others are wrong. The point of learning Talmud is to try to become awakened to objective morality. And I admit that does not always seem to be the result. But that is the point of it. Or as David Bronson said the point is to discover justice.

to appreciate the great gift I had to be part of the Mir Yeshiva in NY

I am not sure why I have not merited to learn Torah. It seems it always backfires when I try. One simple answer is that verse that the sages brings about Torah--"If you abandon me one day I will abandon you two days." That is to say if I had just managed to appreciate the great gift I had to be part of the Mir Yeshiva in NY or at least when I got to Israel to try to find a straight Litvak Yeshiva --like there already was in Safed. Then maybe things would be different. But once I more or less walked out on that who path, then it seems I just can not get back in.

In spite of the problems in current day USA, I look upon the basic foundations as being sound. I see the development of natural law from Saadia Gaon through Aquinas and John Locke as being a development and not a change of venue.

Most people that are critical of the USA have not lived under a real religious or secular tyranny. They just do not know what a blessing it is to have your human rights safeguarded.

learning Torah

One of the important pieces of advice that come from the Gra is that learning Torah tends to solve a lot of life's problems.

The questions that people have on Torah I think would apply to any system. The reason is that no mater what system is being implemented human nature will always demand that 95% of all the people in that system will be using it for personal motives of power and money and revenge and pleasure. That is simple human nature. It has nothing to do with the actual value of the system. The whole issue is  on that 5% that are doing it sincerely if it actually brings them to a higher moral level. 

And from what I could see at the Mir  and Shar Yashuv in NY, learning Torah lishma [for its own sake-not for money] definitely brings people to a higher moral level. 

The problem is those that learn Torah for money. This causes the יערוף כמטר לקחי ("My teaching will murder like rain") effect. See the Gemara Taanit. 

However those few great Litvak yeshivot, where Torah is learned for its own sake, makes it all worthwhile. [And I wish I was able myself to be learning, but I figure it takes a certain kind of merit to be worthy of learning Torah that I just do not seem to have. Even the little bit I can understand is only because I learned from true Torah greats, like Rav Shmuel Berenbaum,(the rosh yeshiva of Mir in NY) David Bronson (my learning partner), and Rav Naphtali Yeager (the rosh yeshiva in Shar Yashuv).

One is the sunset time in which it looks to me that Rabbainu Tam was correct.

There are areas in which even the straightest of the straight--the best of the best in the Torah world--that is the Litvaks-seem to fall short. Though it is hard to imagine a most devoted system to keeping the Torah than the Litvak  (Lithuanian) Yeshiva World still there are areas in which questions can be raised.
One is the sunset time in which it looks to me that Rabbainu Tam was correct. Another area is the refusal to serve in the IDF {Israel Defense Force}. To me it is hard to see this refusal in positive light.

Other areas are more iffy. For example the accepting of money in order to be able to sit and learn Torah. This is perhaps the easiest thing to justify based on Rav Joseph Karo in the Kesef Mishna.

On the other hand it is hard to find a group that is more devoted to keeping the Torah just as it says with no frills--no additions nor subtractions than the Litvaks. [Though the Litvak world is far from perfect, they seem to have avoided a lot of the keipot and Dark Side that seems to have infiltrated the rest of the Jewish Religious world]

The opinion of Rabbainu Tam is held by almost all rishonim. i.e that the night starts 72 minutes after sunset. I wrote a little about this in the booklet on Bava Metzia.

) בענין שקיעה של רבינו תם. רוב ראשונים פוסקים כמו ר''ת. קשה להבין את הגר''א.  אם הגר''א היה צודק, היה בהכרח לראות  כוכב ממוצע אחד בשקיעה הראשונה, ואחר כך עוד אחד בתוך כמה דקות. 

  זה כדי ששקיעה תיחשב להיות בין השמשות. וזה רק אחרי שכבר קודם השקיעה, היינו צריכים לראות שלשה כוכבים גדולים. ואי אפשר לדעת את הממוצע של קבוצה מסוימת אלא אם כן יודעים את כל הדברים שיש בקבוצה, ואי אפשר לדעת מה זה כוכב ממוצע אלא אם כן קודם זה רואים את כל הכוכבים (שאפשר לראות אותם בלי משקפת), ואז אפשר לדעת מה זה ממוצע. ואז צריכים לבחור כמה כוכבים ממוצעים, ולראות מתי הם יוצאים בליל המחרת. אני עשיתי את זה, ולפי מה שראיתי, לא מתחילים לצאת כוכבים ממוצעים עד בערך ארבעים וחמש דקות אחר השקיעה בארץ ישראל.

תוספות רי''ד בשבת מפרש רבינו תם גם לשיטת חכמי יוון  (שחכמי ישראל הסכימו אתם בגמרא בפסחים)- והם סוברים שאין מסדרון (פרוזדור) שהשמש נכנס בו בשקיעה.  רב נטרונאי גאון מחזיק בשיטת הגר''א. אבל רב סעדיה גאון מחזיק בשיטת רבינו תם (מצוטט באבן עזרא שמות י''ב פסוק ד'). אני חושב ההלכה כמו רבינו תם. אבל יש אפשרות לתרץ את שיטת הגר''א בקושי.

הגם שאני חושב הלכה כר''ת עדיין אני רוצה לתת תירוץ אפשרי לגר''א: החלל מתרחב. ולכן לפני אלפיים שנה הכוכבים היו קרובים יותר  לארץ.ולכן היתה אפשרות לראות שלשה כוכבים ממוצעים קודם הזמן שהם נראים היום. היום שלשה כוכבים נראים אחרי ארבעים וחמש דקות אחרי השקיעה. וזה עוזר לנו להבין את הגר''א שמחזיק בשיטה שהלילה מתחיל אחרי שלש עשרה וחצי דקות. אנחנו מוצאים בגמרא פסחים שיש מהלך ארבע מילים מן השקיעה עד הלילה, אבל הגר''א אומר שזה מדבר על הזמן שכל הכוכבים יוצאים, ולא על התחלת הלילה על פי הלכה. ויש סיוע לזה בגלל שהגמרא הפסחים אינה מדברת על התחלת הלילה לפי הדין. והגמרא נתנה שיעור שלשה כוכבים ממוצעם רק לסימן, לא מה שקובע את  הלילה. נוסף.הייתי בישראל כמה שנים וראיתי משהו שאישר את הגישה של ר''ת בדבר הזמן שמתחיל הלילה. כלומר, עבור 59 הדקות הראשונות לאחר השקיעה, אין שינויים דרמטיים בשמים. השמים הופכים כהים. ואז ב59 דקות קורה משהו דרמטי. סוג של צורות כיפה נעשה מעל האזור שבו שקעה החמה. ואז כי הכיפה עצמה מתחילה לשקוע עד בדיוק 72 דקות הוא שוקע מתחת לאופק, והשמים כהים לגמרי. אתה יכול לראות איך זה מתאים לגמרא בשבת. יש גם משהו על מה שאתה קורא ממוצע. למילה "ממוצע" אין שום משמעות מלבד לעומת משהו אחר. לכן מספר 5 הוא ממוצע בין 0 ו10, אבל לא ממוצע לעומת 100 ו1,000,000. אז כדי להיות מסוגל לקבוע או למדוד מהו כוכב ממוצע אתה צריך לראות כל הכוכבים באמצע הלילה. ברגע שאתה רואה את כל הכוכבים שניתן לראות בעין בלתי מזוינת, אז אתה בוחר שלושה כוכבים ממוצעים. אז אתה לומד לזהות אותם על ידי לימוד יסודי של מפת השמים. אחד צריך ללמוד לזהות את הכוכבים ואת המקום של כל כוכב בקונסטלציה. ואז אחרי שאתה יודע מה הוא כוכב ממוצע, אתה יוצא לראות באיזה לילה כאשר הוא הופך להיות גלוי. שלושה גלויים ב72 דקות. עם זאת, הכוכבים שנראים חצי שעה אחרי השקיעה, כאשר אתה משווה אותם עם כוכבים אחרים באמצע הלילה הם לא כוכבים ממוצעים. הם ענקים לעומת כל האחרים. הם מה שהגמרא קוראה כוכבים גדולים. כוכבים גדולים לא אומרים לך כאשר הלילה מתחיל. רק שלושה כוכבים ממוצעים. במונחים של כוכבים, ראיתי גם משהו שם גם באזורים מדבריים בישראל. אין כוכבים נראים בשקיעה. אף אחד. אז אם בין השמשות מתחיל בשקיעה, איפה הם שני כוכבים ממוצעים? על פי הגמרא, בין השמשות מתחיל כאשר כוכב ממוצע אחד נראה, לא כוכבים גדולים אשר ניתן לראות לפני כן. אז זה מעניין כי בשקיעה, אין כוכבים גדולים, ולא כוכבים ממוצעים גלויים. זה סותר את הרעיון שבין השמשות מתחיל באותה עת.

The best answer that I have to this question is that Torah and Talmud are to bring to objective morality. That is, it is a consequence based system.

However, I do admit there are legitimate questions on the Talmud. One is the most clear to most people. The same question that you have on any system--that it does not seem to bring people to a higher moral level and sometimes seems even to work in reverse gear.

Now even though you can ask this on any system, it seems worse when the system claims to be perfect.


The best answer that I have to this question is that Torah and Talmud are to bring to objective morality. That is, it is a consequence based system. This you can see in the Rishonim medieval authorities that hold that the commandments of the Torah have reasons and even go about listing the reasons. So they are not goals in themselves but rather meant to bring about some purpose--moral laws that are recognizable by reason. [See Michael Huemer in his essay on why he does not hold in all things by Ayn Rand where he explains this point]
So when there arises a situation in which they seem to work in reverse they do not apply.
That is the opinion of R. Shimon Ben Yochai in page 119 in Bava Metzia. R Yehuda that disagrees with him does hold by the same underlying premise that the commandments have for their purpose to bring about objective morality. But R Yehuda says that when there is a conflict you still go by what the actual verse says--not its reason. [He does not say however what his reason is.] Rav Shach says that the Rambam does not hold by either by rather by a thrid opinion that combines the two.]

an idea of how far people will go to besmirch the name of the Talmud

One of the questions that I heard on the Talmud is that someone heard that there is some kind of permission to do Sodomy on a child less than 3 years old. There is no such statement but it does give you an idea of how far people will go to besmirch the name of the Talmud.
Sodomy at any age is the death penalty.

And not just the death penalty but the most sevre type of stoning. Even murder do not get that.